税務調査の流れと対策｜法人・個人事業主別に解説

税務署から連絡を受けたら最初に確認する4つのこと

実地の調査を行う場合、税務署は原則として事前に通知します。通知を受けたら、①調査開始日時、②調査場所、③調査の対象となる税目、④調査の対象となる期間を必ず控えてください。この4点を出発点に、通知された対象帳簿等と事業内容に応じて、準備する資料を確認します。

国税通則法74条の9第1項は、実地の調査を行う際、あらかじめ納税義務者と税務代理人に対し、調査開始日時、調査場所、調査の目的、対象税目、対象期間、対象となる帳簿書類その他の物件などを通知するものと定めています。

連絡は電話で行われるのが通常です。何日前までという一律の法定期間はありません。業務の都合により日程の変更を申し出ることは可能です。合理的な理由があれば協議の対象となります。

なお、事前通知をすると、違法または不当な行為を容易にして正確な事実の把握を困難にするおそれがある場合や、その他、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認められる場合には、事前通知をしないことがあります（国税通則法74条の10）。

「税務調査」か「行政指導」かも確認します

税務調査の流れ

事前通知がある場合、調査は事前通知、事前準備、臨場調査、調査結果の説明、必要に応じた申告・納付等の5段階で進みます。終了時の手続は、更正決定等をすべきと認められない場合（申告の修正が不要な場合）と、非違がある場合（申告内容に誤りや不正が見つかった場合）とで異なります（国税通則法74条の11）。

修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の判断です。指摘内容に疑問があるときは、事実関係と法的根拠を確認したうえで判断してください。なお、自ら提出した修正申告そのものについて不服申立てを行うことはできませんが、要件を満たせば更正の請求が可能です（国税通則法23条）。税務署が更正・決定を行った場合は、その処分が不服申立ての対象になります（同法75条）。

事前に準備しておく資料

以下は、論点ごとに準備しておきたい代表的な資料です。必要な資料は取引内容や調査の進行によって異なり、追加資料を求められることもあります。論点名ではなく資料名で準備すると、当日の説明が具体的になります。

確認されやすい論点	そろえておく資料
売上の計上時期	期末前後の契約書、納品書、検収資料、請求書、入金明細
役員給与	株主総会議事録、取締役会議事録、支給額の推移表
交際費と飲食費	領収書、参加者の氏名・関係・人数・目的を記録した書類
棚卸資産	実地棚卸表、評価方法の届出、期末仕掛品の集計資料
関連会社との取引	取引契約書、価格の算定根拠、同種取引の比較資料
現金売上	レジジャーナル、予約台帳、現金出納帳、入金記録
家事関連費	按分根拠の資料（面積図、使用時間の記録）、契約書
消費税の仕入税額控除	税区分の設定資料、帳簿、適格請求書等
源泉徴収	給与・報酬等の支払記録、源泉徴収簿、納付書控え

法人の税務調査で確認されやすい項目

法人の調査では、売上の計上時期、役員給与、交際費、棚卸資産、関連会社との取引が中心的な確認対象になります。いずれも、処理の当否は取引の事実を示す資料によって判断されます。

売上の計上時期は、期末をまたぐ取引で問題になります。引渡しや役務提供の完了がいつになるかを、契約書・納品書・検収資料で確認します。

役員給与は、定期同額給与に該当するかが論点です。改定の時期と決議の記録を確認します。

交際費は、資本金1億円以下等の法人であれば、800万円に事業年度の月数を乗じて12で除した金額（定額控除限度額）まで損金算入できます。ただし、資本金5億円以上の法人の100パーセント子法人等は対象外です。また、年800万円の定額控除に代えて、接待飲食費の50パーセント相当額を損金算入する方法を選択することもできます。

このほか、令和6年4月1日以後に支出する飲食費のうち、1人当たり1万円以下で一定の記録保存要件を満たすものは、税務上の交際費等から除外できます。ただし、勘定科目を会議費等の他の科目に変更すれば適用されるという制度ではありません。専ら自社の役員・従業員等のための飲食費も対象外です。1万円以下かどうかは、法人が採用する消費税等の経理方式に応じ、税込経理なら税込額、税抜経理なら税抜経理上の金額で判定します。改正前（令和6年3月31日以前の支出）は5,000円以下が基準でした。過年度が調査対象となる場合、どちらの基準が適用される期間かを確認してください。

記録すべき事項は、飲食の年月日、参加した取引先等の氏名・名称および関係、参加人数、金額、飲食店の名称と所在地です。人数の記録がなければ1人当たりの金額を計算できないため、除外の適用を受けられません。

個人事業主・フリーランスの税務調査で確認されやすい項目

個人の調査では、現金売上の計上、家事関連費の按分、生活費との区分、副業所得の申告状況が中心です。白色申告であっても記帳・帳簿等保存制度の対象であり、調査の対象になります。

現金売上は、飲食・美容・小売などで確認の重点になります。レジ記録、予約台帳、公開されている営業情報などとの突合が行われます。

家事関連費は、事業に必要な部分を客観的に区分できるかが論点です。按分の根拠を、面積や使用時間などの記録として残しておきます。

副業所得については、いわゆる20万円ルールの理解に誤りが多く見られます。これは、一定の給与所得者について、給与所得・退職所得以外の所得が20万円以下である場合などに、所得税の確定申告が不要となる制度です（所得税法121条）。個人事業主一般に適用される非課税枠ではありません。判定は「収入」ではなく、必要経費を控除した後の「所得」で行います。

また、所得税の確定申告が不要な場合でも、住民税の申告が別途必要になることがあります。医療費控除などのために所得税の確定申告を行う場合は、その副業所得も申告の対象に含めます。

帳簿等の保存については、白色申告の場合、帳簿および書類は5年間、記帳制度に基づいて作成した帳簿は7年間の保存が必要です。消費税の課税事業者は、仕入税額控除の要件として別に保存要件が課されるため、あわせて確認してください。

調査当日の対応と、追徴課税の取扱い

調査当日の対応で注意する点

概況聴取での発言は記録として残り得ます。発言を控えることよりも、支出や取引ごとに事業との関連性を説明できる資料をそろえておくことが有効です。

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質問応答記録書は、調査官が納税者の説明を記録する書類です。読み上げまたは閲覧により内容を確認する機会が与えられます。

署名は義務ではありません。署名を求められた場合は、実際の発言や認識と記載内容が一致しているかを確認し、相違があれば訂正を求めてください。確認できないまま署名することは避けます。なお、署名をしなかった場合でも、記録が証拠として利用されることはあります。質問への回答や帳簿の提示に関する義務と、署名の任意性は別のものです。

追徴課税の内訳と加算税の税率

追徴される金額は、本税、加算税、延滞税で構成されます。加算税の税率は、修正の時期、調査通知の前後、隠蔽・仮装の有無によって変わります（国税通則法65条・66条・68条）。

加算税の種類	基本的な税率・計算の考え方
過少申告加算税	原則10％。追加納付税額のうち、期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15％
無申告加算税	50万円以下の部分15％、50万円超300万円以下の部分20％、300万円超の部分30％
重加算税	隠蔽・仮装に係る部分について、過少申告加算税に代えて35％、無申告加算税に代えて40％

上記は、調査による更正・決定を予知した後などを想定した概要です。自主的な申告か、調査通知の前か後か、無申告を繰り返しているかによって軽減・加重されます。無申告加算税の300万円超30％の区分は、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税について適用されます。

また、所得税・法人税・消費税では、調査で提示・提出を求められた一定の売上帳簿を提示しない場合や、売上金額の一定割合以上が記載されていない場合などに、過少申告加算税または無申告加算税が加重されます。軽微な記載漏れに一律適用されるものではありません（令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するものから適用）。

無申告や隠蔽・仮装を繰り返した場合には、過去5年以内の同一税目の賦課歴や、前年分・前々年分の無申告状況など、一定の要件により税率が10ポイント加重されます。これらの加重は重複して適用されません。

追徴が生じた場合の納期限にも注意が必要です。修正申告により追加納付する本税は、原則としてその修正申告書を提出した日が納期限です（国税通則法35条2項）。修正申告に応じる前に、追加税額と納付資金を確認してください。

重加算税が問題になるのは、税額計算の基礎となる事実について隠蔽または仮装があった場合です。記帳の漏れがあれば直ちに重加算税が適用されるわけではありません。帳簿や原始資料、入金の管理状況などから、事実の隠蔽・仮装があったかどうかが確認されます。売上が翌事業年度に計上されていた場合も、その経緯と証拠資料を含めて確認されます。

備えとして重要なのは、正確な申告と、指摘された事実および法的評価を資料に基づいて確認することです。

税務調査に備えて日常からできること

書面添付制度の効果と限界

所定の書面添付を行った申告について、事前通知を伴う実地の調査を行う場合は、原則として、その通知前に税務代理を行う税理士が意見を述べる機会が設けられます（税理士法33条の2、35条1項）。事前通知をしない調査などには例外があります。効果と限界の双方を理解したうえで導入を判断してください。

意見聴取の質疑等のみに基因し、かつ調査通知前に修正申告を行った場合には、過少申告加算税が課されない取扱いがあります（国税通則法65条6項）。

書面添付を行った申告は、税理士が計算・整理した事項が明示されるため、税務署が申告内容を確認するうえでの信頼性が高まるとされています。意見聴取で疑問点が解消し、調査に至らないこともあります。ただし、調査の省略は保証されず、本税・延滞税を免除する制度でもありません。調査通知後の修正申告には、過少申告加算税がかかる場合があります。

書面添付の有無にかかわらず、申告の誤りに気付いた時点で早めに是正することが有効です。調査通知前で、かつ更正を予知していない段階での修正申告であれば、過少申告加算税は課されません（国税通則法65条6項）。なお、ここでいう調査通知は、実地の調査を行う旨・対象税目・対象期間の通知をいい、調査日時を含む事前通知とは範囲が異なります。

専門家の見解：書面添付は希望制とし、効果と限界を説明したうえで判断いただいています

日常からできる5つの備え

調査の連絡を受けてからできることには限りがあります。日常の記録と保存が、そのまま説明の材料になります。

1. 証憑を保存期間に応じて整理する：法人は原則7年、一定の欠損金が生じた事業年度等は10年です。個人は申告の区分と書類の種類によって5年または7年です
2. 売上を適切な時期に計上する：入金日だけで判断せず、取引内容に応じた時期に計上します。期末前後の取引は、引渡しまたは役務提供の完了日を示す資料とあわせて保存します。なお、個人で現金主義による所得計算の特例を適用している場合は、その取扱いに従います（所得税法67条）
3. 家事按分の根拠を記録する：面積や使用時間など、客観的に確認できる基準を残します
4. 飲食費の記録要件を満たす：年月日、参加した取引先等の氏名・関係、人数、金額、店名・所在地を記録します
5. 顧問税理士と定期的に試算表を確認する：判断が分かれた処理は、その時点で根拠を記録に残します

電子データの保存については、電子取引データの保存と、紙の書類のスキャナ保存は別の制度です（電子帳簿保存法7条、4条3項）。電子取引により授受したデータは電子で保存する義務がありますが、紙で受け取った書類まで一律に電子化する義務はありません。

まとめ

• 連絡を受けたら、対象税目・対象期間・調査開始日時・調査場所を確認する
• 論点ごとに、確認される資料をそろえてから調査日を迎える
• 法人は売上の計上時期・役員給与・交際費・棚卸資産・関連会社との取引、個人は現金売上と家事按分が中心的な確認対象
• 加算税の取扱いは、修正の時期と隠蔽・仮装の有無によって異なる
• 書面添付制度の効果は一定の条件に限られ、調査の省略を保証するものではない

税務調査のご相談について

税務署から調査の連絡を受けた方は、次の情報をお知らせください。対応可否と業務範囲・費用をご案内します。

• 調査予定日／対象税目・対象期間
• 法人・個人事業の別、業種、概ねの売上規模
• 現在の顧問税理士の有無
• ご相談内容

区分	内容	費用
無料相談	業務範囲・費用のお見積り、契約に関するご相談	無料（個別案件の税務判断・資料確認は含みません）
税務相談	個別案件についての税務上の回答	40分 33,000円（税込）
税務調査対応	事前準備・当日立会い・調査後対応・修正申告	別途お見積り

顧問契約の有無にかかわらずご相談いただけます。すでに調査が始まっている場合、他の税理士が関与している場合もご相談ください。

根拠法令

法令名	条文	要旨
国税通則法	74条の2	当該職員の質問検査権
国税通則法	74条の9	実地の調査における事前通知（1号〜6号および政令委任事項）
国税通則法	74条の10	事前通知を要しない場合
国税通則法	74条の11	調査の終了の際の手続
国税通則法	23条	更正の請求
国税通則法	35条2項	期限後申告・修正申告による納付の納期限
国税通則法	65条	過少申告加算税（6項＝調査通知前かつ更正の予知前の修正申告への不適用）
国税通則法	66条	無申告加算税
国税通則法	68条	重加算税（隠蔽・仮装があった場合）
国税通則法	70条	更正・決定等の期間制限（2項＝法人税の欠損金額に係る特則）
国税通則法	75条	不服申立て
国税通則法	128条	罰則（1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金）
租税特別措置法	61条の4	交際費等の損金不算入、飲食費の除外
所得税法	121条	給与所得者等の確定申告不要制度
所得税法	232条	白色申告者等の記帳・帳簿等保存
法人税法	126条・150条の2	帳簿書類の保存
電子帳簿保存法	7条・4条3項	電子取引データの保存／スキャナ保存
税理士法	33条の2・35条1項	計算事項等を記載した書面の添付、意見の聴取

参照先： e-Gov法令検索・国税通則法／ 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」／ 国税庁「税理士制度のQ&A（書面添付・意見聴取）」／ 財務省「加算税制度の概要」／ 国税庁 No.5265 交際費等の範囲と損金不算入額の計算／ 国税庁 No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人／ 国税庁 No.2080 白色申告者の記帳・帳簿等保存制度／ 国税庁 No.5930 帳簿書類等の保存期間